肠道微生态调节剂主要包括益生菌、益生元。益生菌主要是指一类在摄入足够量的条件下能对机体产生有益作用的活的微生物，通常包括双歧杆菌属、乳杆菌属、肠球菌属和酵母菌属等。益生元则是一类非消化性物质，能够促进益生菌的生长和活性，抑制有害细菌生长。
1.益生菌的作用
1.1肠道菌群调节
益生菌对肠道菌群的调节机制归纳起来主要有以下几个方面：
①生物拮抗。益生菌就其种类而言，一般为肠道的优势菌群。在进入肠道以后，会迅速繁殖并且与其他有害生物竞争营养和所粘附的黏膜空间，同时也会主动分泌抗菌物质，如抗生素、过氧化氢等，造成其他有害生物生长受阻。
②改变肠道pH值。益生菌在其生长过程中，大部分种类都会发酵产生乳酸，而这些乳酸能有效降低肠道pH值，从而抑制部分无法耐受酸性环境的有害微生物。
③修复肠黏膜。益生菌具有保护肠黏膜，减轻肠黏膜炎症以及辅助修复肠黏膜的功能。
1.2免疫调节
益生菌对免疫系统的调节机制较为复杂，但其核心在于可以刺激宿主的免疫应答，增强体液免疫及细胞免疫，从而增加机体免疫力。
2.益生菌在肠道疾病治疗中的应用
2.1益生菌在腹泻治疗中的应用
腹泻根据其病因通常可分为肠道病原微生物或寄生虫感染、消化系统功能性或器质性疾病、代谢性疾病、自身免疫性疾病、放射性肠炎、抗生素导致肠道菌群紊乱等。但不论何种原因引起的腹泻，均不可避免地造成肠道菌群的严重紊乱。因此，临床上对于腹泻的治疗，益生菌已成为重要的辅助治疗手段，在恢复肠道菌群的平衡中起重要作用。
2.2益生菌在便秘治疗中的应用
便秘往往会给患者带来很大的痛苦，同时由于粪便长期在肠道里积累，往往会诱发肠道腐败菌的繁殖而造成毒性物质的堆积。当前，便秘的常规治疗手段包括服用泻药、促肠动力药、灌肠等方法。有研究指出，便秘患者肠道菌群与健康人群有着显著的不同。这种菌群的差别可能与便秘的发生互为因果，但无论是因是果，均不能忽视对菌群的调节与恢复。而益生菌具有改善肠道微环境、调节肠道菌群以及促进肠蠕动的功能。
2.3益生菌在炎症性肠病治疗中的应用
炎症性肠病是一类慢性肠道炎症性疾病，包括溃疡性结肠炎和克罗恩病等。主要症状有腹泻、腹痛和肠道不适。目前该病的发病机制通常认为与遗传因素、免疫因素、环境因素有关。因此，炎症性肠病的治疗思路就可以从调节肠道菌群、消除肠道炎症入手。目前，临床上多采用在传统治疗的基础上添加益生菌，将益生菌作为辅助治疗进行应用。
2.4益生菌在肠道肿瘤治疗中的应用
肠道肿瘤对人类健康的危害极大，目前也是医学界研究的重点。研究表明，肠道内的腐败菌能将食物中的部分成分发酵并转化为致癌物质，如产生氨化物和硫化物，并且也能将前致癌物转化为致癌物。因此，肠道菌群与肿瘤的发生也有着密切的联系。益生菌能调节肠道菌群，减少肠道内腐败菌的数量，有助于减少消化过程中致癌物的产生，同时对肠道的吸收功能和免疫功能具有调节作用，可以作为预防和治疗肠道肿瘤的辅助手段。目前，益生菌辅助治疗肠道肿瘤的应用和研究大多仍停留在体外研究阶段。就现有的研究成果来看，益生菌的作用主要集中在减轻癌症并发症、抑制肿瘤细胞生长和诱导肿瘤细胞凋亡等方面。益生菌能诱导肿瘤细胞凋亡的作用应当引起研究者的重视，这个作用可能会为肿瘤治疗打开一扇新的大门
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