目前尚不清楚结肠炎的发病原因，可能是由于基因因素、机体不恰当的免疫反应、或某些环境因素导致的。机体免疫系统会错误的将肠粘膜当成“敌人”进行反复的破坏，并引起溃疡性结肠炎的相关症状。
在治疗上以柳氮磺胺类、糖皮质激素和免疫抑制剂为主，效果欠佳。目前，国内有许多医生将云南白药和以上药物配合使用进行溃疡性结肠炎的治疗，发现治疗效果良好。具体方法如下：
1、糖皮质激素配合云南白药：
医院的朱金庆对68例轻中度活动期溃疡性结肠炎患者进行了治疗观察，其中初发型19例，慢性复发型活动期49例：白药组在常规治疗基础上给予云南白药1g加地塞米松5mg，生理盐水ml，排便后保留灌肠，每晚睡前1次，灌肠保留时间1-2小时，4周为1个疗程。对照组给予柳氮磺吡啶口服，4-6g/d，两组治疗期间忌辛辣油腻饮食。
疗效标准：近期治愈：临床症状完全消失，结肠镜及其他辅助检查黏膜均正常，观察3个月无复发；有效：临床症状改善或缓解，结肠镜及其他辅助检查黏膜轻度炎症反应、水肿、溃疡；无效：经治疗后各项临床症状均无好转，内镜及病理检查黏膜无改善或加重。
观察患者治疗后4周腹痛及便血情况，并于3个月后随访。白药组的总有效率为91.2%，对照组总有效率为73.5%。两组比较有显著性差异(p0.05)。
2、柳氮磺胺类药物合用：
(1)医院消化科的杜坤庭、葛勤利等收治了轻、中度溃疡性结肠炎患者60例，所有患者均经电子结肠镜及病理确诊，按照年成都全国炎症肠病学术研讨会制定的标准诊断。
治疗方法：白药组：柳氮磺吡啶结肠溶胶囊口服1g/次，每天4次，同时加服云南白药0.5g/次，每天3次，8周为一疗程。对照组：不服用云南白药，其余治疗同白药组。
治疗结果：白药组总有效率为90%，对照组总有效率为66.7%，两组比较具有统计学意义(p0.05)。
(2)医院的蒋庆安、唐俊梅等用柳氮磺胺吡啶2g、云南白药2g加入37℃生理盐水ml中，灌肠，至少保留2小时，疗程一个月。1个月后，改口服柳氮磺胺吡啶2g/d，其他治疗方法相同，治疗3个月，治疗的总有效率为85.4%。
3、联合其他西药治疗：
医院的倪春红，周秀萍等对38例溃疡性结肠炎患者进行了治疗，采用云南白药4g，0.5%甲硝唑液ml和地塞米松5mg混合成灌肠液加温至38℃灌肠，每晚一次，一次一小时，20天一疗程，发现疗效良好，总有效率为92.1%。
4、和芦荟汁一起灌肠治疗：
医院的付继勇，祝东友采用云南白药加鲜芦荟汁灌肠的方法治疗了例慢性溃疡性结肠炎患者，其中全结肠24例，降结肠51例，乙状结肠51例。
治疗方法：云南白药组：鲜芦荟汁ml，云南白药4g制成混悬液，每天睡前保留灌肠1次。另配云南白药4g，鲜芦荟汁适量，调成稠糊状，放置神阙穴（脐心），用麝香止痛膏外贴，每两天换药一次，间隔两小时以上，皮肤干后再贴。对照组：替硝唑ml（0.4g），庆大霉素12万u，地塞米松针5mg，每天睡前保留灌肠1次。
灌肠后注意事项：直肠病变者灌肠成功后继续保持臀部抬高10cm，左侧卧位30min；乙状结肠者灌肠成功后，改为膝胸伏位15min使药液到达整个结肠，然后臀部抬高10cm，左侧卧位、右侧卧位各30min，使药液保留4小时以上。14天为1疗程，共2个疗程。
治疗结果：云南白药组总有效率为95.2%，对照组总有效率为74.6%。两组比较具有极显著差异(p0.01)。
5、和微波及中药配合：
郧阳医学院护医院的袁秀红对54例确诊溃疡性结肠炎的患者进行了治疗。
治疗方法：白药组采用中药煎剂加云南白药保留灌肠，同时配合微波治疗。中药处方：黄连10g、败酱草30g、地榆20g、白芨30g、仙鹤草15g、干姜20g、赤石脂20g、黄柏10g、马齿苋30g，上方浓煎取汁ml，取6粒云南白药胶囊，去胶囊取粉剂加入煎药中混匀待用，于晚上临睡前嘱患者排完大便后保留灌肠，每晚1次；另外，用超短波电疗仪照射：病人取平卧位，将其中一块电极板垫于病人腰下，另一块覆盖于下腹部，电极板与人体之间使用干燥的毛巾或毯子作隔热，厚度为一二厘米；防止电极板移动，将自制的沙袋压在下腹部的电极板上。微波输出功率设为W，持续30min，每日1次，上午进行。10d为1个疗程，连续治疗3个疗程。对照组采用常规输液抗感染和口服中药治疗。总结病人治疗3个疗程后的效果并与治疗后半年分别对两组病人进行随访。
使用微波照射主要是为了加速局部组织的血运和应激功能。
治疗结果：白药组的总有效率为94.1%，对照组总有效率为70%，两组比较具有统计学差异(p0.05)。半年后白药组的复发率为6.23%，对照组的复发率为71.43%，两组比较具有极显著差异(p0.01)。
6、其他方法：
(1)6.1医院的黄加国、韩帅用柳氮磺胺吡啶2g加云南白药2g加0.5%甲硝唑ml保留灌肠，保留一小时，持续2周后改为口服柳氮磺胺吡啶0.5g，加甲硝唑0.2g，4次/d，持续22周，对照组给予柳氮磺胺吡啶1g加甲硝唑0.2g，4次/d，持续12周，其后柳氮磺胺吡啶剂量减半，持续12周。通过对90例患者的治疗，发现白药的的总有效率为%，对照组总有效率为75%，两组比较具有统计学差异(p0.01)。
(2)高惠珍,夏爱芹等用云南白药1.5g，野菊花水50ml，甲氰咪胍0.4g，地塞米松10mg，复方新诺明2片，研细末冲调均匀，灌肠治疗；关海平，石洪秀用思密达6g加云南白药0.4g加入50ml生理盐水中，加热至37℃，灌肠治疗，发现总有效率均为93%以上。
讨论：
云南白药具有良好的抗炎和促进伤口愈合的疗效，和西药联合使用，可以减轻溃疡处的炎性反应，促进溃疡面的愈合。目前，该医院使用，发现治疗效果良好。